Prodi Ilmu al-Qur’an dan Tafsir (IQT), merupakan Program Studi (prodi) pertama  yang ada di Stai al-Anwar,  dengan demikian, lahirnya Prodi IQT di Stai Al-Anwar beriringan dengan berdirinya kampus Stai al-Anwar yang didirikan pada tanggal 22 November 2011, dengan pendirinya ialah KH. Maimoen Zubair yang mendapatkan izin operasional dari Kementrian Agama dengan SK-nomor : Dj.I/1636/2011.

Terdapat dua Alasan utama yang melatarbelakangi terpilihnya prodi IQT sebagai prodi pertama yang ada di Stai al-Anwar. Pertama. Dr. KH. Abdul Ghofur MA secara linear mengambil jurusan tafsir ketika S1, S2 dan S3 di al-Azhar, Mesir, belaiu sebagai penerus estafet kepemimpinan dari KH. Maimoen Zubair di Stai Al-Anwar. Kedua, karena  pendiri Stai Al-Anwar sarang, KH, Maimoen Zubair terkenal dengan ulama ahli tafsir.

 Selain itu, Visi-Misi yang diemban oleh Prodi IQT Stai al-Anwar ialah merupakan pengejawentahan dari perkataan KH. Maimoen Zubair (pendiri Stai al-Anwar) “Santri yang intelektual, Intelektual yang santri”. Awalnya, Visi-Misi yang digunakan Stai Al-Anwar hanya sebatas formalitas untuk mengajukan ke pemerintah, tidak seperti sekarang ini.

Perkataan KH. Maimoen Zubair menjadi embrio akan Visi-Misi dari Prodi IQT  yang dikolaborasi dengan Tri darma perguruan tinggi(pendidikan, penelitian dan pengembangan, dan pengabdian masya) untuk menghasilkan Visi-Misi baru.

Orang-orang yang terlibat secara masif yang mengejawentahkan perkataan KH. Maimoen Zubair yang dikolaborasikan dengan tri darma perguruan tinggi ialah Dr. Abdul Gofur Maimoen M.A dan Dr. Najib Bukhari M.Thi. Sehingga lahirlah Visi-Misi baru Prodi IQT yang diresmikan pada tahun 2017 dengan redaksi sebagai berikut:

Visi

Menjadi pusat persemaian santri Intelektual yang menguasai keilmuan klasik islam yang ramah yang responsive terhadap persoalan kekinian dalam ilmu al-Qur’an dan Tafsir

Misi

1. Menyelenggarakan pendidikan ilmu al-Qur’an dan Tafsur yang dapat mengintegrasikan pendekatan klasik dengan pendekatan tafsir modern dan responsive terhadap perubahan.
2. Melakukan dan mengembangkan penelitian yang dapat mengkontekstualisasikan keilmuan klasik ilmu al-Qur’an dan Tafsir.
3. Berperan serta dalam pembanguanan masyarakat yang sejarhtera dan islami melalui pengabdian masyarakat.

Prodi Iqt melaksanakan berbagai upaya-upaya untuk menggapai cita-cita yang tertulis di dalam Visi-Misinya, mulai dari pemilihan mata kuliah yang di ajarkan, dosen-dosen pengampu.

Dalam pemilihan mata kuliah yang di ajarkan terdapat beberapa pengadopsian dari Universitas Al-Azhar Mesir, seperti mata kuliah Studi Mashahif dan Qira’ah, Madzahib al-Tafsir, Manahij al-Tafsir, Tafsir Tahlili, al-Dakhir Fi al-Tafsir, Nudzum Islamiyah dan lain lain.

Selain itu, Terdapat banyak dosen yang merupakan lulusan luar negri sepertihalnya lulusan al-Azhar Mesir, Maroko, Yaman dan lain sebagainya. Banyak pula lulusan dalam negri yang tidak kalah menghiasi bangku dosen di Prodi IQT. Kesemuanya bergabung dalam rangka untuk meraih cita-cita Prodi IQT yang mulia ialah untuk menjadi “Referensi Utama Kajian Islam”.